Nowe obowiązki metropolity po kresie unii personalnej Gniezna i Warszawy (1992-2007)

Tę funkcję objął w wyniku wyborów metropolita przemyski arcybiskup Józef Michalik, po raz pierwszy od półwiecza biskup nierezydujący w Warszawie. Wraz z odejściem z funkcji przewodniczącego Konferencji Episkopatu kardynał Józef Glemp stracił przysługujące mu z tego tytułu uprawnienia, jak np. zwoływanie posiedzeń biskupów, reprezentowanie Kościoła na zewnątrz, podpisywanie listów pasterskich czy zaproszeń kierowanych do papieża. Miał nadal prawo, jako prymas, oficjalnie witać papieża w Polsce w imieniu Kościoła, nadal był też członkiem Rady Stałej Episkopatu Polski. Prymasostwo stanowiło już jednak tylko funkcję honorową, nie wiązało się ze sprawowanie władzy w Kościele. Jak stwierdza Kodeks prawa kanonicznego, „oprócz prerogatyw honoru, tytuł patriarchy i prymasa nie daje w Kościele łacińskim żadnej władzy rządzenia”. Jako „pierwszy wśród równych” (primus inter pares), prymas zachowywał również pierwszeństwo w liturgii, co oznaczało prawo do przewodniczenia w każdej mszy św. koncelebrowanej także przez innych biskupów czy kardynałów.

      W tym okresie kardynał Józef Glemp kontynuował swoją aktywność publiczną, bardzo różnorodną i bogatą w treści ewangeliczne. Obserwatorzy zgodnie twierdzili, że nie było dziedziny życia religijnego (także w dziedzinie procesów beatyfikacyjnych i kanonizacyjnych), duszpasterskiego (m.in. również w zakresie znakomicie rozwiniętego budownictwa sakralnego na terenie archidiecezji) i patriotycznego, która byłaby mu obca lub nieznana jego duszpasterzowaniu. Szczególny charakter miały przygotowania i następnie przebieg Wielkiego Jubileuszu Roku 2000 z podniosłą i wzruszającą mszą św. na jego zakończenie na placu Piłsudskiego w Warszawie 20 maja 2000 roku.

      Dla kardynała Józefa Glempa zbliżał się czas emerytury. Zgodnie z Kodeksem prawa kanonicznego 6 grudnia 2006 roku papież Benedykt XVI przyjął jego rezygnację w urzędu metropolity warszawskiego. Papież pozwolił mu jednocześnie na zachowanie tytułu Prymasa Polski do chwili ukończenia 80 roku życia, czyli do 18 grudnia 2009 roku. Wielu Polaków czuło się rozczarowanych i tę decyzję Watykanu odebrało negatywnie, spodziewając się, że kardynał Glemp prymasem pozostanie dożywotnio. Uzasadnienie dla tej historycznej decyzji Watykanu znalazło się w liście, który Benedykt XVI wystosował do kardynała Glempa: „Gdy obecnie składasz – ze względu na wiek – urząd arcybiskupa metropolity warszawskiego, powiadamiamy Cię, że postanowiliśmy, abyś tytuł ten zachował do ukończenia przez Ciebie osiemdziesięciu lat życia. Ze względów historycznych i prawnych, przemawiających za Stolicą Gnieźnieńską, a mianowicie jako pierwszą polską archidiecezją metropolitalną, gdzie przechowywane są relikwie świętego Wojciecha Męczennika, patrona Polski, tytuł ten po owym czasie wróci do arcybiskupa gnieźnieńskiego. Jednocześnie serdecznie dziękujemy Ci, Czcigodny Nasz Bracie, i wyrażamy szczególny szacunek za wieloletnią niestrudzoną troskę o dobro archidiecezji warszawskiej, jak również całej Polski, i z wielką miłością udzielamy Ci naszego błogosławieństwa apostolskiego”. Z tym błogosławieństwem papieskim kardynał Józef Glemp opuścił rezydencję metropolity warszawskiego przy ulicy Miodowej, gdzie spędził 27 lat kapłańskiego życia, i zamieszkał w Domu Prymasów przy kościele św. Anny w warszawskim Wilanowie.

      Na następcę kardynała Glempa na urzędzie arcybiskupa warszawskiego papież wyznaczył biskupa Stanisława Wielgusa, dotychczasowego ordynariusza diecezji płockiej. Uroczysty ingres, wyznaczony na 7 stycznia 2007 roku, nie doszedł do skutku wobec złożonej przez biskupa Wielgusa tego dnia w godzinach rannych rezygnacji z powierzonego urzędu. W tej sytuacji papież powierzył kardynałowi Józefowi Glempowi dalsze pełnieni funkcji administratora archidiecezji warszawskiej (ingres, który miał się odbyć w katedrze św. Jana w Warszawie, zamienił się w mszę św. dziękczynną w intencji dotychczasowego ordynariusza). W marcu Benedykt XVI wyznaczył nowego następcę metropolity warszawskiego, urząd ten objął dotychczasowy ordynariusz diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej biskup Kazimierz Nycz, który przejął też po kardynale Glempie dzieło budowy Świątyni Opatrzności. Na faktyczną emeryturę kardynał Józef Glemp przeszedł 1 kwietnia 2007 roku, kiedy to odbyło się kanoniczne przejęcie archidiecezji warszawskiej przez arcybiskupa Nycza.

      Jesień 2009 roku była czasem pożegnań. 26 listopada, na zebraniu plenarnym Episkopatu Polski na Jasnej Górze hierarchowie polskiego Kościoła dziękowali kardynałowi Józefowi Glempowi za posługę prymasowską, za przewodnictwo i twórczy udział w pracach episkopatu, za przykład pracowitości, „która – jak stwierdził arcybiskup Józef Michalik – była i jest dynamizmem usługiwania wszędzie i wszystkim niezależnie od trudności. Jest to posługiwanie ekumeniczne, niestrudzone, życzliwe, a przy tym pokornie otwarte w zatroskaniu o wiarę i ludzi, o Kościół i Ojczyznę”.